Les entreprises de la base industrielle et technologique de défense (BITD) sont soumises à la réforme de la facturation électronique depuis le 1er septembre 2026. Or, dans ce secteur, une facture révèle des fournisseurs, des prix, parfois des programmes. Comment respecter l'obligation sans exposer ce qui doit rester protégé ? Voici ce que la réforme impose au secteur, et comment s'organiser.
Ce que la réforme impose aux entreprises de la Défense depuis le 1er septembre 2026
La réforme se déploie en deux phases. La première est entrée en vigueur le 1er septembre 2026 ; la seconde interviendra en septembre 2027.
Concrètement, deux obligations coexistent :
- L'e-invoicing : les factures entre entreprises assujetties à la TVA établies en France sont émises, transmises et reçues au format électronique structuré (UBL, CII ou Factur-X), par l'intermédiaire d'une plateforme agréée par la DGFiP.
- L'e-reporting : les données des opérations qui ne relèvent pas de l'e-invoicing (ventes à l'international, opérations avec des particuliers) et les données de paiement sont transmises à l'administration.
Aucune dérogation sectorielle générale n'existe pour la Défense : une entreprise de la BITD reçoit déjà ses factures fournisseurs sous forme électronique et, si elle est une grande entreprise ou une ETI, émet déjà ses factures clients via sa plateforme agréée. Le non-respect de ces obligations expose à des sanctions.
Secret défense : quelles opérations ne sont pas concernées par la facturation électronique ?
L'article 289 bis du Code général des impôts prévoit que l'obligation de facturation électronique n'est pas applicable « aux opérations faisant l'objet d'une mesure de classification au sens de l'article 413-9 du code pénal ». Cet article du code pénal vise les procédés, objets, documents, informations, réseaux informatiques, données informatisées ou fichiers intéressant la défense nationale qui ont fait l'objet de mesures de classification.
Ce point est souvent mal compris : l'exclusion porte sur l'opération, pas sur l'entreprise. Un industriel de défense qui réalise des opérations classifiées reste soumis à la réforme pour toutes ses autres transactions : achats courants, prestations non classifiées, ventes de produits civils ou duaux.
La conséquence est d'abord organisationnelle. Il faut être capable, en amont de la plateforme agréée, d'identifier les opérations classifiées et de les maintenir hors du circuit dématérialisé, sans pour autant bloquer le reste des flux. Cela suppose :
- une cartographie des flux de facturation par entité, par site et par type d'opération ;
- des règles d'aiguillage paramétrées dans l'ERP, avant toute transmission ;
- une gouvernance claire entre la direction financière, la sécurité et les équipes programmes.
Marchés publics de défense : le cas des factures adressées à l'État
Les factures adressées à l'État et à ses établissements publics (B2G) relèvent d'un cadre distinct, celui du code de la commande publique, et transitent par Chorus Pro. Pour les marchés de défense ou de sécurité, le code prévoit que l'État et ses établissements publics acceptent les factures transmises sous forme électronique par les titulaires et leurs sous-traitants admis au paiement direct, sauf lorsque la conclusion et l'exécution de ces marchés sont déclarées secrètes ou doivent s'accompagner de mesures particulières de sécurité (articles L2392-1 et suivants).
On retrouve la même logique que pour les opérations classifiées : la dématérialisation est la règle, le secret en est la limite.
Sous-traitants et fournisseurs : la réforme à l'échelle de la chaîne de la Défense
La BITD fonctionne en cascade : un maître d'œuvre s'appuie sur des équipementiers, eux-mêmes sur des PME spécialisées. Or le calendrier de la réforme ne s'applique pas de la même façon à chaque maillon.
- Les grands maîtres d'œuvre et les ETI émettent et reçoivent des factures électroniques depuis le 1er septembre 2026.
- Leurs sous-traitants PME, TPE et micro-entreprises reçoivent déjà des factures électroniques, mais n'auront l'obligation d'en émettre qu'en septembre 2027.
Jusqu'en 2027, un donneur d'ordre continue donc de recevoir une partie de ses factures fournisseurs hors du circuit électronique structuré. Trois chantiers en découlent :
- L'annuaire : chaque entité et chaque site doit être correctement identifié dans l'annuaire de la facturation électronique (SIREN, SIRET, code de routage), faute de quoi les factures n'arrivent pas au bon destinataire.
- Le suivi des statuts : le cycle de vie de chaque facture (dépôt, rejet, refus, encaissement…) doit être suivi et partagé avec les fournisseurs.
- L'accompagnement des fournisseurs : préparer dès maintenant les PME de la chaîne à l'échéance de 2027 limite les ruptures de flux et les retards de paiement.
Sécuriser les flux de facturation au quotidien : droits, traçabilité, segmentation
Dans la Défense, la sécurité d'une plateforme de facturation se juge d'abord à son usage quotidien : qui peut voir quelles factures, qui a fait quoi, et comment les flux sensibles sont isolés.
Le cadre réglementaire fixe un socle. Selon la CNIL, les plateformes agréées doivent notamment être certifiées ISO 27001 et mettre en œuvre une authentification de niveau « substantiel » au sens du règlement eIDAS. Elles agissent comme sous-traitants au sens du RGPD, et les factures doivent être conservées 10 ans conformément au code de commerce.
Au-delà de ce socle, un industriel de défense doit vérifier trois capacités opérationnelles :
- Des droits d'accès fins, attribués par entité, par site et par rôle, limités au strict nécessaire et révoqués dès qu'ils ne sont plus justifiés.
- Une traçabilité complète, avec une journalisation de l'ensemble des accès et des actions, exploitable en cas d'audit.
- Une segmentation des flux, qui permet d'isoler les opérations exclues du dispositif et de cloisonner les données entre entités d'un même groupe.
La question de l'hébergement et de la juridiction applicable aux données est tout aussi structurante. Nous la détaillons dans notre article consacré aux raisons de choisir une plateforme agréée française.
Choisir une plateforme agréée quand on est un industriel de défense : la grille de critères
L'agrément DGFiP est un prérequis, pas un critère de différenciation. Pour une entreprise de la BITD, la liste des plateformes agréées doit être passée au crible de critères propres au secteur.
Comment TRESO2 répond aux exigences des entreprises de la Défense
TRESO2 est une plateforme agréée par la DGFiP, éditée par Pytheas Capital. Elle couvre l'ensemble du cycle, de la facture électronique jusqu'à son financement.
- Hébergement en France : l'ensemble des données de la plateforme est hébergé en France, chez Scaleway.
- Certification : Pytheas Capital, éditeur de TRESO2, est certifié ISO/IEC 27001.
- Sécurité opérationnelle : chiffrement des données en transit et au repos, authentification multifacteur obligatoire sur les services critiques, connexion via VPN avec authentification forte, droits d'accès limités au strict nécessaire et revus périodiquement, journalisation sécurisée de l'ensemble des accès et actions. Le détail est présenté sur notre page sécurité des données.
- Conformité : respect du RGPD et de la loi Informatique et Libertés.
- Formats et intégration : génération automatique des formats UBL, CII et Factur-X et des statuts de cycle de vie (CDAR), via l'API TRESO2 ou en s'appuyant sur les flux existants. Une sandbox permet de tester avec vos propres données avant la mise en production. Connecteurs avec les principaux ERP et logiciels comptables : SAP, Oracle, Microsoft, Infor, Sage, Cegid, EBP, Blackline.
- Financement de factures : au-delà de la conformité, TRESO2 permet de faire financer ses factures clients ou fournisseurs, avec plus de 3,5 milliards d'euros de factures financées, aux côtés de partenaires comme Bpifrance et le Crédit Mutuel Arkéa. Un levier de trésorerie utile pour les sous-traitants soumis aux délais de paiement des grands programmes. En savoir plus sur le financement de factures.
Mettre en conformité une organisation multi-sites : les étapes clés
- Cartographier les flux : recenser les flux de facturation par entité, par site et par type d'opération, et identifier les opérations classifiées à écarter du dispositif.
- Fiabiliser l'annuaire : vérifier l'identification de chaque entité et de chaque site (SIREN, SIRET, code de routage).
- Connecter l'ERP : raccorder le système de gestion à la plateforme agréée par API ou via les flux existants, et paramétrer les règles d'aiguillage.
- Tester en sandbox : valider les formats, les statuts et les droits d'accès sur des données réelles avant la mise en production.
- Former et embarquer : former les équipes comptables et préparer les fournisseurs PME à l'échéance de septembre 2027.
En conclusion
Pour les entreprises de la Défense, la facturation électronique n'est plus une échéance mais une obligation en vigueur. L'exclusion des opérations classifiées ne dispense pas d'agir : elle impose au contraire de savoir distinguer, en amont, les flux qui entrent dans le dispositif de ceux qui en sont écartés. D'ici septembre 2027, l'enjeu se déplace vers la chaîne de sous-traitance, qui devra à son tour émettre ses factures au format électronique. Le choix de la plateforme agréée se joue donc sur sa capacité à gérer des organisations multi-sites, des droits d'accès fins et une traçabilité complète, au service de la conformité comme de la protection des données.
FAQ
La facturation électronique est-elle obligatoire pour les entreprises de la Défense ?
Oui. Depuis le 1er septembre 2026, les entreprises de la Défense sont soumises à la réforme comme toutes les entreprises assujetties à la TVA établies en France. Toutes doivent pouvoir recevoir des factures électroniques, et les grandes entreprises et ETI doivent aussi en émettre. Seules les opérations classifiées sont exclues du dispositif.
Les opérations sous secret défense sont-elles concernées par la facturation électronique ?
Non. L'article 289 bis du Code général des impôts exclut de l'obligation de facturation électronique les opérations faisant l'objet d'une mesure de classification au sens de l'article 413-9 du code pénal. L'exclusion vise l'opération et non l'entreprise : les autres transactions d'un industriel de défense restent soumises à la réforme.
Une entreprise de la BITD doit-elle déjà émettre des factures électroniques ?
Cela dépend de sa taille. Les grandes entreprises et les ETI émettent des factures électroniques depuis le 1er septembre 2026. Les PME, TPE et micro-entreprises, nombreuses parmi les sous-traitants de la BITD, devront le faire à partir de septembre 2027. Toutes doivent déjà être en mesure de recevoir des factures électroniques.
Quelles exigences de sécurité s'appliquent aux plateformes agréées ?
Selon la CNIL, les plateformes agréées doivent notamment être certifiées ISO 27001 et mettre en œuvre une authentification de niveau « substantiel » au sens du règlement eIDAS. Elles agissent comme sous-traitants au sens du RGPD. Pour un industriel de défense, la gestion fine des droits, la journalisation et la segmentation des flux complètent ce socle.
Comment un donneur d'ordre de la Défense doit-il gérer ses fournisseurs PME et TPE avant septembre 2027 ?
Jusqu'en septembre 2027, les PME et TPE ne sont pas tenues d'émettre des factures électroniques : un donneur d'ordre reçoit donc des flux hétérogènes. Il doit fiabiliser l'annuaire de ses entités, suivre les statuts de cycle de vie et accompagner ses fournisseurs pour qu'ils soient prêts à l'échéance.
TRESO2 s'intègre-t-elle aux ERP utilisés dans l'industrie ?
Oui. TRESO2 se connecte aux principaux ERP et logiciels comptables, dont SAP, Oracle, Microsoft, Infor, Sage, Cegid, EBP et Blackline, via son API ou en s'appuyant sur les flux existants. Une sandbox permet de tester l'intégration avec vos propres données avant la mise en production.
Comment gérer la facturation électronique d'un groupe multi-sites ?
Il faut cartographier les flux par entité et par site, identifier chaque entité dans l'annuaire (SIREN, SIRET, code de routage), puis connecter l'ERP à la plateforme agréée avec des droits d'accès paramétrés par entité, par site et par rôle. Un test en sandbox avant la mise en production sécurise le déploiement.
Sources
- Code général des impôts, article 289 bis
- Code pénal, article 413-9
- Code de la commande publique, articles L2392-1 à L2392-7
- CNIL, « Facturation électronique : quels enjeux pour la protection des données ? »
- DGFiP, Guide pratique de démarrage au 1er septembre 2026
